A criação de São Francisco de Goiás remonta a 1740, quando garimpeiros encontraram terras férteis ao sul do antigo garimpo de exploração de ouro na Serra dos Jaraguás, no local denominado Furado, atualmente Fazenda Cachoeira de Santo Antônio.
Segundo relatos de moradores locais, com o passar do tempo foram se formando diversas fazendas. Em uma delas, às margens do Córrego da Raposa, pertencente a Francisco de Chagas de Assis, foi construída por ele uma capela de palha. Periodicamente, acompanhado de lavradores vizinhos, realizava a oração do terço em louvor a São Francisco.
À medida que as terras eram cultivadas, surgiu um aglomerado de casas, originando o povoado de São Francisco das Chagas. As terras foram doadas por Silvestre Francisco de Almeida por volta de 1850, e a economia passou a se firmar na agricultura. Posteriormente, a região passou a ser denominada Arraial de Chagas.
Formação Administrativa
O distrito de São Francisco das Chagas (ex-povoado) foi criado pela Lei Provincial nº 781, de 18-11-1886, no município de Jaraguá.
Na divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de São Francisco das Chagas já figurava no município de Jaraguá, situação que se manteve nas divisões territoriais de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-Lei Estadual nº 8.305, de 31-12-1943, o distrito de São Francisco das Chagas passou a denominar-se Chagas. Na divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Chagas permanecia integrado ao município de Jaraguá.
Posteriormente, foi elevado à categoria de município com a denominação de São Francisco de Goiás pela Lei Estadual nº 768, de 08-09-1953, sendo desmembrado de Jaraguá. A sede passou a ser o então distrito de São Francisco de Goiás (ex-Chagas). Constituído por distrito único, o município foi instalado em 01-01-1954.
Na divisão territorial de 1-VII-1960, o município era constituído apenas pelo distrito sede, situação que se manteve na divisão de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual nº 9.181, de 14-05-1982, foi criado o distrito de Jesúpolis, anexado ao município de São Francisco de Goiás. Na divisão territorial de 1-VII-1983, o município passou a ser constituído por dois distritos: São Francisco de Goiás e Jesúpolis, mantendo essa configuração até 1988.
Posteriormente, pela Lei Estadual nº 11.401, de 16-01-1991, o distrito de Jesúpolis foi desmembrado de São Francisco de Goiás e elevado à categoria de município.
Na divisão territorial de 2003, o município voltou a ser constituído apenas pelo distrito sede, situação que permanece inalterada na divisão territorial de 2017.
Referência: IBGE